Родился и вырос в семье почтового служащего. После окончания школы работал в сфере сельского хозяйства в Дании, Швеции и США. После возвращения в Германию, брат Ховена помог ему устроиться на работу служащим в один из санаториев. В 1935—1939 годах обучается медицине во Фрайбурге.

В 1934 году вступает в СС (номер 244 594), а в 1937 году и в НСДАП. В сентябре 1939 становится санитаром в концлагере Бухенвальд. В 1942 году получает повышение — становится гауптштурмфюрером СС и главным врачом Бухенвальда. В этой должности занимается исследованиями сыпного тифа над заключёнными.

В концлагере Бухенвальд был известен как «красивый Вальдемар». Занимаясь исследованиями вакцины от сыпного тифа, также умерщвлял заключённых инъекциями гексобарбитала и фенола.

Также занимался исследованиями туберкулёза. В результате его экспериментов по данной проблеме погибло пятеро заключённых.

В сентябре 1943 года разгорелся коррупционный скандал, в котором был замешан и Вальдемар Ховен. Суд СС в начале 1945 года приговорил Ховена к смертной казни, однако приговор приведён в исполнение не был. 2 апреля 1945 года был освобождён войсками союзников.

Впоследствии предстал одним из обвиняемых на Нюрнбергском процессе над врачами. За преступления против человечности, военные преступления и участие в преступных организациях приговорён к смертной казни.

Приговор был приведён в исполнение 2 июня 1948 года в тюрьме Ландсберг.