Родилась 15 мая 1911 года в семье инженера в Кёльне. В дальнейшем жила в Дюссельдорфе. Обучалась медицине в Бонне и Дюссельдорфе. Семья Герты Оберхойзер была небогатой, в связи с чем она должна была сама зарабатывать на обучение. В 1937 году получает диплом врача и приступает к работе в физиологическом институте Бонна. В 1940 году становится врачом-дерматологом. В процессе обучения проводила вивисекции и эксперименты на животных.

В 1937 году вступила в НСДАП. Впоследствии состояла в национал-социалистическом сестринском обществе, обществе врачей национал-социалистов.

В 1940 году, прочитав объявление в газете о вакансии врача-женщины для концлагеря Равенсбрюк, подала свою заявку и была принята. В концлагере Равенсбрюк работала с начала 1941 по лето 1943 года. Потом переведена в качестве хирургической ассистентки в больницу Хоенлихена под руководством Карла Гебхардта, где и работала до окончания войны.

За военные преступления и преступления против человечества суд приговорил Оберхойзер к 20 годам тюремного заключения. 31 января 1951 года срок был снижен до 10 лет. 4 апреля 1952 года освобождена досрочно.

После освобождения вначале работала врачом в Штокзее и одновременно в госпитале иоаннитов в Плёне. В 1956 году была узнана одной из бывших заключённых Равенсбрюка. После этого была уволена из госпиталя иоаннитов. Одновременно ей были предъявлены повторные обвинения судом Киля. Так как за одни и те же преступления нельзя быть осуждённым дважды, обвинения и дальнейший процесс были вызваны общественным резонансом и многочисленными акциями протеста бывших заключённых. После увольнения из больничных учреждений открыла частную врачебную практику, однако на фоне непрекращающихся протестов была вынуждена прекратить медицинскую деятельность. В 1965 году переехала в Бад-Хоннеф. Умерла 24 января 1978 года в близлежащем городке Линц-на-Рейне.