Когда дело было передано в Верховный суд Соединенных Штатов по ходатайству о сертификации и ходатайству о разрешении подать петицию о «хабеас корпус», большинство членов суда в решении, вынесенном председателем Верховного суда Стоуном, постановили, что приказ о созыве комиссии, которая судила Ямаситу, был законным как по американскому, так и по международному праву, что Комиссия была сформирована на законных основаниях, что преступление, в котором обвинялся Ямасита, представляло собой нарушение законов войны, и что процессуальные гарантии, предусмотренные военными статьями Соединенных Штатов и положениями Женевской конвенции о военнопленных, касающимися судопроизводства, не применяются к судебным процессам по военным преступлениям.
Ямасита был казнен 23 февраля 1946 года.