Суть дела обвинения состояла в том, что обвиняемый знал или должен был знать о широко распространенных преступлениях (которые включали убийства, грабежи, опустошения, изнасилования, отсутствие обеспечения военнопленных и расстрелы партизан без суда), совершенных на Филиппинах войсками под его командованием, и/или что он не предпринял шагов, требуемых от него международным правом, чтобы выяснить состояние дисциплины, поддерживаемой его людьми, и условия, преобладающие в лагерях для военнопленных и гражданских интернированных под его командованием.

Защита утверждала, в частности, что то, в чем обвинялся Ямасита, не является военным преступлением, что Комиссия не обладает юрисдикцией для рассмотрения этого дела, что нет доказательств того, что обвиняемый знал о совершаемых преступлениях, и что поэтому нельзя говорить о совершении им военного преступления, что в совершенных злодеяниях не прослеживается никакого плана, и что условия, в которых приходилось работать Ямасите, вызванные в значительной степени наступлением американских войск и действиями партизан, не позволяли ему осуществлять адекватный общий контроль даже за действиями тех войск на островах, которые находились под его командованием фактически.

Представленные Комиссии доказательства осведомленности обвиняемого о преступлениях, совершенных его войсками, его попустительства или одобрения были противоречивыми, но о самих преступлениях имелись многочисленные доказательства, которые защита в целом не пыталась отрицать.