Органы безопасности регулярно предоставляли в ЧГК сведения о массовых зверствах оккупантов, грабежах, насилиях над мирными жителями и военнопленными. Материалы о политике оккупантов и фактах репрессий мирного населения одновременно передавалась начальнику Совинформбюро А.С. Щербакову.
По мере изгнания оккупантов, прифронтовые УНКВД комплектовали соответствующие районные отделы (отделения), которые вначале выступали на освобожденной территории как оперативные группы. Руководство их деятельностью осуществляло 2-е (контрразведывательное) Управление НКВД СССР.
Особые отделы фронтов и армий также создавали оперативные группы, которые следовали с наступающими частями Красной Армии и вместе с ними входили в освобожденные от немецко-фашистских оккупантов города и населенные пункты.
Работа в освобожденных районах начиналась с опроса местных жителей, ареста активных пособников немцев, восстановления связи с агентурой органов безопасности, находившейся на временно оккупированной территории.
По мере удаления линии фронта в освобожденных районах на базе опергрупп создавались районные или городские отделения (отделы) НКВД-НКГБ, в дальнейшем работавшие как обычные территориальные органы госбезопасности.
Порой не всегда удавалось оперативно направлять в освобожденные города и районы опергруппы НКВД и территориальные подразделения органов госбезопасности, и вся нагрузка по розыску агентуры противника и пособников оккупантов ложилась на войска НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии (ОТ ДКА) и особые отделы НКВД фронтов и армий.
В связи с обязательным представлением в Государственный комитет обороны (ГКО) каждые три дня информации о положении и работе в освобожденных от оккупантов городах и районах, НКВД СССР издана директива № 33 от 26 января 1943 г. «Об организации агентурно-оперативной работы и обеспечении должного порядка в городах и районах, освобожденных частями Красной Армии от войск противника». Документом предписывалось немедленно восстанавливать во всех освобожденных городах и районах аппараты НКВД и милиции, размещать соответствующие гарнизоны частей войск НКВД, а для оказания помощи на местах командировать в распоряжение территориальных органов безопасности группы оперработников центрального аппарата НКВД.
19 апреля 1943 г. М.И. Калинин подписал закрытый Указ ПВС СССР «О мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, виновных в убийствах и истязаниях советского гражданского населения и пленных красноармейцев, для шпионов, изменников родины из числа советских граждан и для их пособников», объявленный приказом Народного комиссариата обороны СССР (НКО СССР) № 0283.
В тот же день И.В. Сталин подписал приказ НКО СССР, в котором определил, что в срок до 10 мая 1943 года должны быть образованы военно-полевые суды. Приведение приговоров военно-полевых судов — повешение осужденных к смертной казни — было предписано производить публично, при народе, а тела повешенных оставлять на виселице в течение нескольких дней, чтобы все знали, какое возмездие постигнет всякого, кто совершает насилие и расправу над гражданским населением и военнопленными и кто предает свою Родину.
Данный Указ широко использовался при рассмотрении дел на открытых судебных процессах 1943—1945 гг., а также на заседаниях военно-полевых судов, а с мая 1944 г. — и в военных трибуналах. Инициативу по подготовке открытых процессов взяла на себя военная контрразведка, так как функционально выявление и разоблачение военных преступников и их пособников являлось одним из важнейших направлений ее деятельности.