С началом Первой мировой войны Кунце воевал на Восточном фронте в Восточной Пруссии, был произведен в капитаны 8 ноября 1914 года, а 14 ноября тяжело ранен. Вернулся к службе в мае 1917 года и был назначен начальником оперативного отдела штаба 4-й кав. дивизии, с сентября 1918 года он занимал ту же должность в 89-й пехотной дивизии.

После окончания войны Кунце был переведен в рейхсвер, использовался в качестве референта в отделе иностранных армий в министерстве рейхсвера. 1 октября 1931 года Кунтце был произведен в полковники.

29 октября 1941 года Вальтер Кунце был назначен заместителем командующего вермахтом на юго-востоке и главнокомандующим 12-й армией. Это было временное назначение, пока Вильгельм Лист не мог вернуться на службу. 31 октября 1941 года Франц Бёме представил Вальтеру Кунце отчёт, в котором подробно описал расстрел в Сербии: «Расстреляно — 405 заложников в Белграде (всего на данный момент в Белграде, 4750 человек), 90 коммунистов в лагере Себак, 2300 заложников в Крагуеваце, 1700 заложников в Кралево».

Казни гражданских лиц среди сербов продолжались и в следующем году. Вальтер Кунце указал в директиве от 19 марта 1942 года: «Чем более однозначные и жесткие репрессивные меры применяются с самого начала, тем меньше будет необходимости применять их позднее. Никаких ложных сентиментальностей! Желательно, чтобы 50 подозреваемых были ликвидированы, чем один германский солдат потерял бы свою жизнь. Если невозможно задержать людей, которые каким-либо образом непосредственно участвовали в восстании, можно рекомендовать репрессивные меры общего характера, например, расстрел всех жителей мужского пола из ближайших деревень, согласно определенного соотношения (например, один убитый немец — 100 сербов, один раненый немец — 50 сербов)».

В 1945 году Вальтер Кунце сдался союзным войскам и предстал перед судом в Нюрнбергском процессе над генералами юго-восточного фронта в 1947 году. Был признан виновным и приговорён к пожизненному заключению, но его освободили в 1953 году. Скончался 1 апреля 1960 года.