В 1935 году он вернулся на военную службу и 16 марта 1936 года получил звание подполковника. Он недолго командовал пехотным полком, а затем командовал различными противотанковыми подразделениями. 1 марта 1937 года ему было присвоено звание полковника.

В начале Второй мировой войны он принял командование 6-м пехотным запасным полком, от которого вскоре отказался, чтобы принять командование 169-м пехотным полком. Он возглавлял этот полк в Западной кампании.

В апреле 1941 года назначен командиром 269-й пехотной дивизии. В составе группы армий «Север» его дивизия сражалась в северной части Советского Союза после начала операции «Барбаросса». 18 сентября 1941 года был награждён Рыцарским крестом Железного креста и 1 декабря 1942 года принял командование 26-м армейским корпусом во время блокады Ленинграда.

Почти год спустя возглавил 15-й горный корпус, сражавшийся против югославских партизан в Хорватии. 20 июля 1944 года (по совпадению, в день заговора части офицерского корпуса против Адольфа Гитлера) сменил генерала Густава Фена на посту командующего 21-й горным корпусом на Балканском полуострове. 29 апреля 1945 года был снят с должности, а 8 мая 1945 года взят в плен вооружёнными силами США.

Предстал перед судом как подчинённый генерал-полковника Лотара Рендулича вместе с 12 другими высокопоставленными германскими офицерами во время Нюрнбергского процесса над генералами юго-восточного фронта, который длился с 13 мая 1947 года по 19 февраля 1948 года. Он был признан виновным по двум обвинениям в преступлениях против человечности и военных преступлениях, а именно: убийстве и плохом обращении с военнопленными, убийстве и плохое обращении с гражданским населением. В декабре 1947 года Эрнст фон Лейзер был приговорен к 10 годам тюремного заключения.

31 января 1951 года верховный комиссар Американской зоны оккупации Германии Джон Макклой сократил для фон Лейзера срок заключения, и он был освобождён в 1951 году. Скончался в Гарштедте 23 сентября 1962 года.