С января 1943 года по день капитуляции Японии занимал должность начальника филиала № 673 отряда № 731 в гор. Суньу и лично активно участвовал в изготовлении бактериологического оружия. Будучи по совместительству начальником 5-го отдела отряда № 731, Ниси подготавливал кадры специалистов по ведению бактериологической войны для специальных подразделений при армейских частях. Он лично участвовал в убийствах заключённых китайских и советских граждан путём заражения их при помощи бактерий остроинфекционными болезнями. В целях сокрытия преступной деятельности филиала и отряда № 731 Ниси в 1945 году при приближении советских войск к гор. Суньу приказал сжечь все помещения филиала, оборудование и документы, что и было выполнено.