Шефер учился в университетах Мюнхена, Берлина, Инсбрука. Завершил медицинское образование в университете Гейдельберга в декабре 1935 года. С 1936 года работал ассистентом химиотерапевтической лаборатории корпорации Schering. Впоследствии перевёлся в институт воздушной медицины люфтваффе.

Предложил один из методов десалинации морской воды делающий её пригодной для питья, который был опробован на заключённых концлагеря Дахау. Однако сам в этих экспериментах не участвовал, в связи с чем на Нюрнбергском процессе над врачами был оправдан.

С 1951 года поступил на работу в военно-воздушные силы США.