В период инцидента на Лугоуцяо Муто был главой отдела разведки Квантунской армии и именно он считается организатором этой провокации, которая привела к началу японо-китайской войны. После этого он был повышен до заместителя начальника штаба Центрально-Китайского фронта. Принимал участие в Нанкинской резне.

В 1939 году Муто вернулся в Японию. Он получил должность генерал-майора и после этого служил в министерстве армии. Незадолго до начала войны на Тихом океане был повышен до звания генерал-лейтенанта.

В апреле 1942 года Муто был назначен командующим второй дивизии Императорской гвардии на Сингапуре. В июне 1944 года стал командующим японскими войсками на Суматре, затем в октябре того же года был переведён на должность начальника штаба 14-го фронта. По его приказу осуществлялись массовые убийства и пытки военнопленных и гражданских лиц.

После капитуляция Японии Муто был арестован американскими войсками и за военные преступления, совершённые на Филиппинах и в Китае против военнопленных и гражданских лиц, он предстал перед военным трибуналом. Муто был приговорён к казни через повешение. Приговор был приведён в исполнение 23 декабря 1948 года.