Руководил СС и полицией в Прибалтике и, частично, Белоруссии. По сути, именно он возглавлял и направлял действия всех карательных органов в «Остланде». Его подписи стояли под многими преступными приказами, в том числе об уничтожении 200000 евреев в Прибалтике (и около 400000 — на Украине и в Белоруссии). Точное число жертв неизвестно, поскольку Еккельн приказал заключенным вырыть и сжечь все трупы, после чего там же сожгли самих заключенных. Также расстреливались цыгане, литовские поляки. Для «чистоты крови» Еккельн приказал стерилизовать сотни мужчин и женщин из смешанных браков, расстрелять всех психически больных. Он проводил карательные акции против партизан, коммунистов и их семей.