В июне-декабре 1942 года Виллерт служил офицером для особых поручений и заместителем начальника военной комендатуры Евпатории. Затем до февраля 1944 года занимал пост военного коменданта Евпатории. В период своей службы в Евпатории лично отдавал приказы о расстрелах нескольких десятков человек. Летом 1943 года за сорванный неизвестным лицом на одной из улиц портрет Гитлера приказал арестовать и повесить в городском парке двух случайных прохожих. Виллерт организовал насильственный вывоз в Германию на принудительные работы около 5 тысяч жителей Евпатории, а также составил план уничтожения городского хозяйства на случай отступления немецких войск из Крыма. Согласно этому плану, «в апреле 1944 года, при отступлении немцев из Евпатории, были вывезены ценности, принадлежавшие общественным организациям и учреждениям, разграблены и уничтожены ряд санаторий, взорваны промышленные объекты, превращены в развалины кварталы жилых домов». Также Виллерту вменялось разграбление имущества примерно 10 тысяч жителей Новороссийска, вывезенных на работы в Германию.