7 января 1942 года в больницу прибыло гестапо. Везде на территории больницы были расставлены часовые, вход и выход из больницы был запрещён. Представитель гестапо потребовал отобрать хронических больных для отправки в Житомир. Произвели точный учёт больных, заявив администрации, что всякое исчезновение больных будет строго наказано, а количество недостающих больных будет пополнено персоналом. Что ожидало больных? Это тщательно скрывалось от персонала. Затем в больницу пришли особые автомашины. В эти машины начали вталкивать больных приблизительно по 60—70 человек в каждую.
Больных погружали в машины, умерщвляли, трупы выбрасывали здесь же. Это продолжалось двое суток, в течение которых было уничтожено 365 душевнобольных. Весь персонал был предупреждён, что какая-либо критика и выражение неудовольствия совершенно неуместны и будут рассматриваться как саботаж.
В дальнейшем гестапо запретило выписку больных как самостоятельно, так и на попечение родственников. Выписка разрешалась только в исключительных случаях после комиссии. Бывали случаи, когда немцы не верили врачам, утверждавшим выздоровление больных, и требовали приводить больных в здравотдел для личного осмотра.
Позже было произведено ещё два массовых убийства больных: 29 марта 1942 года — 90 человек и 17 октября 1942 года — 30 человек. Проходило это под тем же предлогом эвакуации в Житомир и Полтаву.
После каждого уничтожения больных производилось очередное изъятие имущества.
Наряду с физическим уничтожением больных, как уже отмечалось, немцы производили полный разгром и грабёж больницы. Забрали всё имущество, весь инвентарь, уничтожили аптеку, лаборатории, физиотерапевтический и рентгеновский кабинеты, мастерские для трудотерапии. Сожгли ценнейший в научном отношении архив больницы, уничтожили прекрасную больничную библиотеку в 20 000 томов, ограбили культурный заповедник, ценнейший памятник XI столетия — знаменитый Ниримальский собор, расположенный на территории больницы [7, 12].