21 марта 1943 года в Хатыни заночевали партизаны из партизанской бригады «Дяди Васи» (Василия Воронянского). Наутро 22 марта они ушли в сторону Плещениц. Одновременно из Плещениц им навстречу в направлении Логойска выехала легковая автомашина в сопровождении двух грузовиков с карателями из 118-го батальона шуцманшафта 201-й немецкой охранной дивизии. В автомашине ехал шеф-командир первой роты капитан полиции Ханс Вёльке, направлявшийся на аэродром в Минске.

По пути колонна натолкнулась на женщин из деревни Козыри, работавших на лесозаготовке; на заданный им вопрос о наличии поблизости партизан женщины ответили, что никого не видели. Колонна двинулась дальше, но, не проехав и 300 м, попала в партизанскую засаду, устроенную отрядом «Мститель» бригады «Дяди Васи».

В перестрелке каратели потеряли трёх человек, включая Ханса Вёльке. Командир взвода карателей Василий Мелешко заподозрил женщин в пособничестве партизанам и, вызвав подкрепление из батальона «Дирлевангер», вернулся к месту, где женщины рубили лес; по его приказу 26 женщин были расстреляны, а остальные отправлены в Плещеницы.

Жители деревни ничего не знали об утреннем инциденте, в ответ на который был применён принцип общего коллективного наказания, нарушающий все правила и обычаи ведения войны.

По приказу Эриха Кернера и под непосредственным руководством Васюры полицейские согнали всё население Хатыни в колхозный сарай и заперли в нём. Тех, кто пытался убежать, убивали на месте. Среди жителей деревни были многодетные семьи: так, например, в семье Иосифа и Анны Барановских было девять детей, в семье Александра и Александры Новицких — семеро. В сарае заперли также Антона Кункевича из деревни Юрковичи и Кристину Слонскую из деревни Камено, которые оказались в это время в Хатыни. Сарай обложили соломой, облили бензином, переводчик-полицейский Лукович поджёг его.

Деревянный сарай быстро загорелся. Под напором десятков человеческих тел не выдержали и рухнули двери. В горящей одежде, охваченные ужасом, задыхаясь, люди бросились бежать; но тех, кто вырывался из пламени, расстреливали из пулемётов, автоматов и винтовок. Приказ открыть огонь отдали Кернер, Смовский и Васюра. Стрельба прекратилась лишь тогда, когда затихли крики и стоны, и пока не обвалилась крыша сарая.

В огне сгорели 149 жителей деревни, из них 75 детей младше 16 лет. Спастись тогда удалось двум девушкам — Марии Фёдорович и Юлии Климович, которые чудом смогли выбраться из горящего сарая и доползти до леса, где их подобрали жители деревни Хворостени Каменского сельсовета (позднее и эта деревня была сожжена оккупантами, и обе девушки погибли). Сама деревня была уничтожена полностью.

Из находившихся в сарае детей семилетний Виктор Желобкович и двенадцатилетний Антон Барановский остались в живых. Витя спрятался под телом своей матери, которая прикрыла сына собой; ребёнок, раненный в руку, пролежал под трупом матери до ухода карателей из деревни. Антон Барановский был ранен в ногу пулей, и эсэсовцы приняли его за мёртвого. Обгоревших, израненных детей подобрали и выходили жители соседних деревень. После войны дети воспитывались в детском доме. Ещё троим — Володе Яскевичу, его сестре Соне и Саше Желобковичу — также удалось скрыться от нацистов.

Из взрослых жителей деревни выжил лишь 56-летний деревенский кузнец Иосиф Иосифович Каминский (1887—1973). Обгоревший и раненый, он пришёл в сознание лишь поздно ночью, когда карательные отряды покинули деревню. Ему пришлось пережить ещё один тяжкий удар: среди трупов односельчан он нашёл своего сына Адама. Мальчик был смертельно ранен в живот, получил сильные ожоги. Он скончался на руках у отца. Иосиф Каминский с сыном Адамом послужили прототипами знаменитого памятника в мемориальном комплексе.

Одному из выживших жителей Хатыни — Антону Барановскому — 22 марта 1943 года было 12 лет. Он никогда не скрывал правду о событиях в Хатыни, открыто об этом говорил, знал имена многих полицаев, сжигавших людей. В декабре 1969 года — через 5 месяцев после открытия мемориального комплекса — Антон погиб при невыясненных обстоятельствах.

Последний свидетель сожжения Хатыни, Виктор Желобкович, скончался в 2020 году.

Версию событий с рядом отличий опубликовал в 2012 году украинский историк Иван Дерейко в монографии (подлинность источников версии уточнить) «Місцеві формування німецької армії та поліції у Райхскомісаріаті „Україна“ (1941—1944 роки)». Он пишет, что 118-й полицейский батальон после нападения отряда «Народные мстители» атаковал деревню, где вместо отхода в лес по неизвестной причине решили закрепиться партизаны. В результате штурма деревни было убито 30 партизан и некоторое число мирных жителей, ещё около 20 человек были захвачены в плен. Само же село с оставшимися жителями после боя по приказу обергруппенфюрера Курта фон Готтберга было сожжено Особым батальоном СС под командованием Дирлевангера.

118-й батальон шуцманшафта и особый батальон СС «Дирлевангер».

В советское время факт участия коллаборационистов в преступлении в Хатыни замалчивался. Первые секретари ЦК КП Украины и КП Белоруссии Владимир Щербицкий и Николай Слюньков обратились в Центральный комитет партии с просьбой не разглашать сведения об участии украинцев и русских — бывших советских военнослужащих в зверском убийстве мирных жителей деревни. К просьбе отнеслись с «пониманием».

В 1969 году на месте, где находилась деревня, был открыт мемориальный комплекс. Хатынь стала символом массового уничтожения мирного населения, осуществлявшегося нацистами и коллаборационистами на оккупированной территории СССР.