Всем шестнадцати подсудимым перечисленным в обвинительном заключении вменялась уголовная ответственность по первым трём пунктам обвинительного заключения. Пункт один вменял участие в заговоре для совершения военных преступлений и преступлениях против человечности; пункт два предполагал совершение военных преступлений протии гражданских лиц на территориях оккупированных Германией и против военнослужащих наций находившихся в состоянии войны с Германией после сентября 1939; пункт три вменял совершение преступлений против человечности, включая правонарушения как против немецких гражданских лиц так и граждан оккупированных стран, после начала Второй мировой войны. Отдельные правонарушения включали убийство, преследование на политической, расовой и религиозной почве, депортация и порабощение, разграбление частной собственности, пытки и иные жестокости. Пункт четыре вменял семерым подсудимым членство в СС, СД и руководящем составе нацистской партии, организациях объявленных преступными Международным Военным Трибуналом.
В ходе процесса трибунал распорядился о том, в отношении пункта один «что ни устав Международного Военного Трибунала ни закон № 10 Контрольного совета не определили заговор в целях совершения военных преступлений или преступлений против человечности в качестве отдельного самостоятельного преступления; поэтому у трибунала не имелось компетенции судить какого-либо подсудимого по обвинению в заговоре как самостоятельном преступлении». Однако, трибунал распорядился также о том, что пункт один «также предполагает незаконное соучастие в формулировании и исполнении планов по совершению военных преступлений и преступлений против человечности, которые действительно включали совершение таких преступлений. Поэтому мы не можем исключить весь пункт из обвинительного заключения, но постольку поскольку обвинения по пункту один предполагают преступление заговора в качестве самостоятельного правонарушения, отличного от какого-либо военного преступления или преступления против человечности, трибунал не учитывает данное обвинение». Судья Блэр, в особом мнении, не согласился с таким решением, заявив о том, что трибунал должен был заявить, что военные трибуналы созданные согласно указу № 7 имели компетенцию «по заговору для совершения» любых и всех преступлений определённых в статье II закона № 10 Контрольного совета.
Из 14 подсудимых, которые предстали перед судом, десять были осуждены по одному или более пунктам, четверо были оправданы по всем пунктам.
Дело правосудия рассматривалось в дворце правосудия в Нюрнберге военным трибуналом III. Уже в июне 1947, председательствующий судью заболел, и по этой причине заседания трибунала были временно приостановлены. Впоследствии трибунал назначил двух других членов и запасного члена в качестве уполномоченных трибунала для заслушивания показаний ряда доступных свидетелей, чьи письменные показания были представлены в качестве доказательства обвинением и о перекрёстном допросе которых запросила защита. Соответственно уполномоченные провели слушания 13 лиц давших письменные показания обвинению, 3, 4 и 5 июня 1947. Председательствующий не смог приступить к обязанностям из-за серьёзного заболевания. Таким образом, 19 июня 1947, вскоре после начала дела защиты, трибунал был созван заново в соответствии со статьей II указа военного правительства № 7, и запасной судья, который присутствовал на заседаниях процесса, заменил отсутствующего члена. Слушания в трибунале и уполномоченными заняли 129 дней. Процесс от предъявления обвинительного заключения до приговора длился 11 месяцев.