В первые годы своей деятельности музей в основном занимался работой, связанной с сохранением и реконструкцией исторических объектов, а также поиском и систематизацией документов периода функционирования лагеря. В 1945 году была открыта первая постоянная музейная экспозиция. В это время также была организована Неделя Майданека, основной целью которой было почтить память жертв КЛ Люблин, но в более поздние периоды она также приняла форму антивоенных митингов и была подчинена пропагандистским целям. Также был реализован первый план пространственного развития музея, в рамках которого был закреплен прах жертв лагеря.
1950-е годы ознаменовались интенсивной популяризаторской деятельностью — были организованы лекции и передвижные выставки. Также были начаты архивные поиски, которые заложили основу для масштабных научных исследований, проводимых с 1960-х годов. Уже в 1965 году они привели к публикации первого тома «Записки Майданека». В это время был реализован еще один проект пространственного развития музея, важной частью которого стал Памятник борьбы и мученичества — один из самых узнаваемых элементов люблинского ландшафта.
Тесные контакты с бывшими узниками Майданека были установлены в результате конкурсов мемуаров и воспоминаний о периоде оккупации. В 1970-х и 1980-х годах они были гостями многочисленных научных сессий, посвященных истории лагеря Майданек и немецкой оккупации в Люблинском крае, организованных Государственным музеем Майданека. Большой популярностью пользовались выставки современного искусства, в том числе живописи и графики. В 1983–2004 годах Государственный музей в Майданеке организовывал их в рамках Международной триеннале искусства.
1990-е годы открылись публикацией монографии о лагере «Майданек 1941–1944». Вот уже около десятка лет научные исследования, проводимые сотрудниками музея, сосредоточены не только на истории КЛ Люблина, но и на музейной практике, особенно на образовании в мемориальных местах. Историков также интересовало уничтожение евреев в Генеральном правительстве, особенно то, что Музей в Майданеке заботится о территориях бывших лагерей смерти в Белжеце (с 2004 года) и Собиборе (с 2012 года). Подобные темы, а также презентация музейных коллекций были предметом выставок, организованных в последние годы, среди которых особого упоминания заслуживает последняя историческая выставка «Узники Майданека».
В последние годы деятельность музея отмечена работами, связанными с модернизацией и развитием экспозиции под открытым небом, а также реконструкциями, направленными на улучшение инфраструктуры для посетителей, которых за 70 лет функционирования учреждения в Майданеке было зафиксировано более 10 миллионов.