Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 ноября 1942 года была образована Чрезвычайная государственная комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников и причиненного ими ущерба гражданам, колхозам, общественным организациям, государственным предприятиям и учреждениям СССР.
Комиссии были поручены собирание, проверка и подготовка материалов о преступлениях войск гитлеровской Германии и ее союзников на оккупированной территории СССР: о пытках, истязаниях и убийствах мирных жителей; о насильственном уводе в иноземное рабство сотен тысяч советских граждан; о всеобщем ограблении городского и сельского населения и вывозе в Германию личного имущества советских граждан, колхозного и государственного имущества; о разрушении памятников искусства и культуры народов СССР и расхищении художественных и исторических ценностей; о разрушении зданий и разворовывании утвари религиозных культов.
Накопленные Комиссией доказательства совершенных оккупантами тяжких преступлений против мирного населения легли в основу обвинений, предъявленных Международным военным трибуналом в Нюрнберге главарям нацистской Германии.
Розыском «карателей, активных участников убийств пленных красноармейцев и мирного населения, террористов, поджигателей, расхитителей культурных ценностей и т.п.» среди военнопленных, в том числе — бывших военнослужащих вермахта, занимались оперативно-чекистские подразделения УПВИ, объем работы которых стремительно вырос в 1943 году, когда в плен начали сдаваться десятки тысяч солдат и офицеров противника.
24 января 1944 года была издана директива УПВИ НКВД СССР «О выявлении среди военнопленных участников совершения зверств», предписывавшая «мобилизовать внимание всего оперативного состава лагерей» на «выявление оперативным и следственным путем участников совершения зверств» и документирование их преступной деятельности.
Особенно тщательно следовало проверять военнопленных, ранее служивших в СС, СА, специальных охранных и карательных отрядах, полиции, тайной полевой жандармерии, гестапо и концентрационных лагерях.
С учетом огромного объема и важного государственного значения работы по розыску военных преступников республиканским, краевым и областным органам НКВД было поручено командировать квалифицированных оперативных работников для помощи оперативно-чекистским подразделениям УПВИ, которые допрашивали содержавшихся в лагерях бывших военнослужащих вермахта о маршрутах следования и пунктах дислокации их войсковых частей, о фамилиях командиров и фактах отдачи ими преступных приказов о расправах с мирным населением на оккупированной территории СССР, о непосредственных участниках злодеяний против советских граждан.
К началу 1944 года в 52 лагерях системы УПВИ содержалось более 100 тысяч бывших военнослужащих армий противника, в 1945 году их число достигло 1 миллиона 651 тысячи 36 человек. В связи со значительным увеличением численности военнопленных 11 января 1945 года УПВИ было реорганизовано в Главное управление по делам военнопленных и интернированных (ГУПВИ). В структуре НКВД союзных республик, УНКВД краев и областей были организованы управления, отделы или отделения (в зависимости от количества военнопленных, находившихся на соответствующих территориях).
Собранные оперативно-чекистскими подразделениями ГУПВИ свидетельства о злодеяниях оккупантов на советской территории были использованы в ходе проведенных в конце 1945 — начале 1946 года семи открытых судебных процессов в отношении военных преступников: в Брянске, Смоленске, Ленинграде, Великих Луках, Минске, Риге и Николаеве и в девяти открытых процессах, проведенных в октябре — декабре 1947 года: в городах Сталино (затем — Донецк), Севастополе, Бобруйске, Чернигове, Полтаве, Витебске, Новгороде, Кишиневе и Гомеле.
Эти резонансные процессы, раскрывавшие факты геноцида оккупантов в отношении мирных советских граждан, широко освещались в средствах массовой информации. Вместе с тем основной объем дел о преступлениях, совершенных военнопленными в период их нахождения в действующей армии, рассматривали военные трибуналы.
Получить представление о количестве привлеченных к уголовной ответственности немецких военнопленных позволяет докладная записка МВД СССР на имя Сталина, согласно которой по состоянию на 20 января 1949 года было осуждено 3712 человек, дела в отношении 6242 бывших военнослужащих гитлеровской Германии находились в стадии расследования.