В 1938 году Коноэ провёл закон о всеобщей национальной мобилизации, согласно которому парламент отказывался от права контроля над правительством, а кабинет министров должен был осуществлять власть посредством императорских указов. Этот закон активно поддерживался японскими монополиями — дзайбацу. В конце 1930-х годов он был сторонником роспуска политических партий и создания вместо них фашистской организации — «Ассоциации помощи трону», что и было осуществлено в 1940 году.

В июне 1945 года японское правительство планировало отправить Коноэ в Москву для того, чтобы уговорить советское руководство выступить посредником между Японией и союзниками: таким образом японское правительство надеялось избежать безоговорочной капитуляции. СССР в соответствии с союзническими обязательствами от роли посредника отказался.

После капитуляции Японии Фумимаро Коноэ был включён в список военных преступников, подлежащих суду Международного трибунала и должен был стать одним из главных обвиняемых на процессе. 6 декабря 1945 года японский парламент под давлением Макартура принял решение об аресте Коноэ. Но благодаря процедуре ареста японских военных преступников (им давалось 10—15 дней после приказа об аресте для добровольной явки в тюрьму) Фумимаро удалось избежать судебного преследования. В ночь на 16 декабря 1945 года, за несколько часов до истечения срока явки в тюрьму, Коноэ покончил с собой, приняв яд.